Atelier Ayesha: The Alchemist of Dusk, bevat een nieuw battle systeem, en volledig nieuw verhaal en nieuwe karakters. De game volgt Ayesha Altugle, een meisje dat alleen woont in een afgelegen workshop.

Sinds de dood van haar grootvader en de vermissing van haar zusje overleeft ze door het verkopen van medicijnen die zelf maakt. Wanneer het nieuws komt dat haar zusje nog steeds leeft gaat Ayesha op een onvergetelijke reis op zoek naar haar zusje.